1、主要是保护和利用天敌，也可利用对人畜无害而仅对鼠类有致命危险的微生物病原体。应加保护的鼠类天敌在哺乳类中有黄鼬(黄鼠狼)、艾虎(艾鼬)、香鼬(香鼠)、狐狸、兔狲、猞猁、野狸和家猫等，鸟类中有长耳鸮、短耳鸮、纵纹腹小鸮等猫头鹰类，爬行类动物中主要是各种蛇类等。为此需注意保护天敌。
2、用毒。主要是使有毒物质进入害鼠体内，破坏鼠体的正常生理机制而使其中毒死亡。效果快、使用简便、广泛用于大面积灭鼠时能暂时降低鼠的密度和把危害控制在最小程度。
3、利用器械灭鼠。多用于仓库、畜舍、野外动物调查等方面，常用的器械有鼠铗、鼠笼、绳套、压板、水淹、刺杀等。电流击鼠效果较慢，常用作辅助工具。